朱文正也知道,自己兵少将寡,且后勤补给严重不足,如果没有援军的话,洪都城陷落也就是时间的问题。
于是,朱文正决定派千户张子明连夜乘小船秘密潜出敌营,向朱元璋求救。
元顺帝至正二十四年(1364年)正月,朱元璋自称为吴王,仍用宋龙凤年号,二月,朱元璋至武昌督战,城破,围攻凡六个月,陈理率张定边等降。而这个时候,元朝朝廷的当今皇帝元顺帝妥懽帖睦尔与皇太子争权,二人各结其外援。
三月,右丞相搠思监等(太子派)用诏书解除孛罗帖木儿兵权,孛罗拒命。
四月,搠思监等命扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。孛罗帖木儿率兵逼大都,元顺帝捕搠思监与宦官扑不花交孛罗,孛罗杀二人。朱元璋命徐达等再攻庐州,左君弼逃往安丰,吴兵围庐州。朱元璋命商税三十取一;在江西设货钱局铸钱,名大中通宝,分大小五等。五月,扩廓帖林儿攻孛罗帖林儿,派关保等进逼大同。孛罗帖木儿攻大都。七月,吴军攻克庐州。元皇太子兵败,逃往扩廓军中,孛罗帖木儿入大都。八月,元顺帝妥懽帖睦尔任命孛罗为中书右丞相,节制天下军马。
是年,朱元璋陆续攻克两湖、江西原陈友谅所属地。各地多望风迎降,惟熊天瑞守赣州,拒常遇春,从八月至次年正月,始力尽而降。是年,张士诚浚常熟白茆港。
至正二十五年(1365年)七月二十九日,孛罗帖木儿入宫时被杀手伯颜达儿等刺杀于延春阁李树之下。刺杀行动进行时,妥懽帖睦尔躲在密室内,约定事成则放鸽铃声。听到鸽铃声后,妥懽帖睦尔走出密室,下令民间杀尽孛罗帖木儿的部下(即所谓“川军”),同时命人将孛罗帖木儿的人头装进匣子里,送到太原的皇太子之处。
至正二十五年(1365年)的九月,扩廓帖木儿护送皇太子还京,元末皇帝妥懽帖睦尔任命其老臣伯撒里为右丞相,扩廓帖木儿为左丞相,宫廷内斗告一段落。
而后,元朝末代皇帝妥懽帖睦尔又封扩廓帖木儿为河南王,南下肃清江淮,不料却引了扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的局面。元朝末皇帝妥懽帖睦尔怀疑扩廓帖木儿有异志,于是命皇太子爱猷识理达腊总领天下兵马,开大抚军院,讨伐扩廓帖木儿。
这场军阀混战一直持续到大都失守前夕,极大损耗了元朝的有生力量。元朝皇帝妥懽帖睦尔虽然昏庸,但亦知国难当头,在至正二十七年(公元1367年)秘密在高丽济州岛建造宫殿,以备将来逃难之用。
在元朝内乱的期间内,朱元璋坐大于南方,将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平,并在至正二十七年(1367年)十月动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。至正二十八年(1368年)正月,朱元璋自称皇帝,国号大明,建元洪武。
至正二十八年(公元1368年)闰七月二十三日,明朝军队抵达直沽,二十六日,知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军,被擒杀,太庙牌位也被收集好,在逃难的时候一起带走。
二十七日,元朝最后的皇帝妥懽帖睦尔命令淮王帖木儿不花监国,庆童为中书左丞相,而自己则是做好了逃难的准备。
二十八日,这个元朝最后的皇帝妥懽帖睦尔驾临到大都清宁殿,召见了众臣及三宫后妃与皇太子,正式宣布将逃往上都。知枢密院事哈剌章(脱脱之子)力谏不可,妥懽帖睦尔说:“也已败,扩廓帖木儿远在太原,何援兵之可待也?”
宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说道:“天下者,世祖之天下,陛下当以死守,奈何弃之!臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战,愿陛下固守京城!”妥懽帖睦尔叹息说:“今日岂可复作徽、钦!”
到了这天夜里,大都健德门开,妥懽帖睦尔与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。妥懽帖睦尔一路上如惊弓之鸟,连山峰塌方都以为是明军到来。
八月十五日,妥懽帖睦尔一行终于抵达到了元上都(解说—位于内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗上都镇,地处闪电河畔金莲川草原之上,南临上都河),而此前大都已经在八月二日被明军攻占,监国淮王帖木儿不花等殉国。
元朝在中原的统治宣告结束,北元时代开始。
至正三十年(137o年),元朝皇帝妥懽帖睦尔病重,由皇太子爱猷识理达腊总揽军国诸事。
同年四月二十八日(137o年5月23日),妥懽帖睦尔因痢疾驾崩于应昌,享年五十一岁,太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。死后的庙号叫做惠宗。
明太祖朱元璋以其“知顺天命,退避而去”,给予了妥懽帖睦尔“顺帝”的谥号。
蒙古汗号“乌哈笃汗”(一作乌哈噶图汗,意为明智的)。